作為生物教學實驗中常用的一種精密光學儀器——
生物顯微鏡由機械系統和光學系統兩部分組成。機械系統包括：鏡筒傳動部分、物鏡轉動部分、載物臺、壓片夾和遮光器的轉換部分、鏡架和底座的轉動部分等。光學系統包括：目鏡、物鏡、聚光鏡和反光鏡等。
大部分顯微鏡使用一段時間后都會產生鏡片的外面被沾污或發生霉變，尤其是高倍物鏡（40x），尤其是在做細胞質壁分離時，極容易被糖液污染。處理的辦法是先用干凈柔軟的綢布蘸溫水清洗掉糖液等污染物，后用干綢布擦干，再用長纖維脫脂棉蘸些鏡頭清洗液清洗，然后用吹風球吹干。
要注意的是清洗液千萬不能滲入到物鏡鏡片內部。因為為了達到所需要的放大倍數，高倍物鏡的鏡片，需要緊緊地膠接在一起。膠是透明的，且一旦這層膠被酒精溶劑溶解后，光線通過這兩片鏡片時，光路就會發生變化。生物顯微鏡生物觀察效果會受到很大影響。所以在清洗時不要讓酒精溶劑滲入到物鏡鏡片的內部。
若是目鏡、物鏡鏡頭內部的鏡片被污染或霉變，就必須拆開清洗。目鏡可直接擰開拆下后進行清洗。但物鏡的結構較復雜，鏡片的疊放，各鏡片間的距離都有非常嚴格的要求，精度也很高。生產廠家在裝配時是經過精確校正而定位的。所以拆開清洗干凈后，必須嚴格按原樣裝配好。
生物顯微鏡的鏡片都是用精密加工過的光學玻璃片制成的，為了增加透光率，都需在光學玻璃片的兩面涂上一層很薄的透光膜。這樣透光率就可以達到97％—98％。這一層透光膜表面很平整光滑，且一旦透光膜表面被擦傷留有痕跡，它的透光率就會受到很大影響。
觀察時會變得模糊不清。所以在擦拭鏡片時，一定要用干凈柔軟的綢布或干凈毛筆輕輕擦拭，若用擦鏡紙擦拭則更要輕輕擦拭，以免損傷透光膜。
綜上所述，對于顯微鏡的維護保養，只要做到防塵、防潮、防熱、防腐蝕。用后及時清洗擦拭干凈，并定期在有關部位加注中性潤滑油脂即可。
對于生物顯微鏡的零部件，如果沒有—定的學術知識、一定的技能和工具，就不能擅自拆裝，以免損壞零部件。
